ヒト血漿プロテオーム解析における再現性：SomaScanTM AssayとOlinkの比較

Rooney MR et al. Clin Chem. 2025 Jun 3;71(6):677-687. doi: 10.1093/clinchem/hvaf030.

研究の背景と目的

血漿プロテオーム解析について、近年、測定対象の急速な拡大により、遺伝や疾患との関連解析を含む研究や、バイオマーカーの探索・検証など、幅広い活用が進んでいます。一方、測定項目が増えるほど、同一検体で結果がどれだけ再現するか、また別の測定法とどの程度一致するかを確認しないと、結果の解釈や比較が難しくなります。SomaScan^TM AssayとOlinkの最新世代では、十分な比較研究がなされていないため、本研究では血漿における両者の再現性と一致度を評価しました。

研究方法

米国ARIC研究（Atherosclerosis Risk in Communities Study）の参加者102人（2011–2013年の採血時点での平均年齢74歳）の血漿を2分割し、SomaScan 11K Assay（10,778項目）とOlink Explore HT（5,420項目）で相対量を重複測定しました。各項目でSpearman相関と変動係数（coefficient of variation：CV）を算出し、重複する4,443項目はプラットフォーム間相関も評価しました。さらにシスタチンC、N-terminal pro-brain natriuretic peptide（NT-proBNP）、トロポニンTを臨床免疫測定と比較しました。

結果

SomaScan Assayでは、同じ血漿を2つに分けて測った2回の結果を比べると、中央値で相関0.85、CV6.8%でした。また、約99%の項目で、測定値の80%以上が検出限界（LOD）以上であることから、測定が安定していることが示されました。
一方、Olinkでは、同様の2回測定の比較で中央値の相関は0.65、CVは35.7%でした。さらに、LOD未満の値が多い項目ほど精度が低く、検出されやすいほどCVが小さくなるという強い関係が見られました。そこで感度解析として、LOD未満の値を一律にLODの半分（低濃度域の代表値）に置き換え、LOD未満のばらつきが指標を過度に悪化させていないかを確認すると、中央値の相関は0.79に上がり、CVは13.3%まで下がりました。
両者で重なる4,443項目の一致度は全体として高くなく、中央値の相関は0.14でしたが、相関0.8付近にまとまりが見られるなど、よく一致する項目も存在し、相関0.8以上は約1割でした。臨床免疫測定との比較では、シスタチンCはSomaScan AssayとOlinkのどちらでも高い相関を示しました（SomaScan Assay r=0.92、Olink r=0.93）。一方でトロポニンTは結果が分かれ、SomaScan Assayでは臨床免疫測定途中程度の相関が見られたのに対し（r=0.70）、Olinkでは今回の対象者でLODを上回る測定値が0%で、臨床免疫測定との相関もほぼ得られませんでした（r=−0.03）。

考察

本研究では、「測りやすさ」を検出限界（LOD）を上回る割合、「精度」を同一検体を2回測定した結果の相関（Spearman）と変動係数（CV）、「一致度」を両プラットフォーム間の相関として評価しました。ARIC由来の102例の血漿検体で、SomaScan Assayは2回測定の中央値がr=0.85、CV=6.8%と高精度でした。Olinkはr=0.65、CV=35.7%とばらつきが大きく、LOD未満の値が多い項目ほど精度が低い傾向が示されました。さらに両者で重複する4,443項目のプラットフォーム間相関の中央値はr=0.14（r≥0.8は約1割）であり、血漿中での検出性とLOD未満値の扱いが精度と一致度を大きく左右すると考えられます。

COI：本記事は、SomaLogic社（現、イルミナ社）がアッセイを無償提供した研究報告をもとに作成しています。フォーネスライフ社はSomaScan Assayを提供・販売する立場にあるため、本記事の掲載は利益相反に該当します。